Деревня Пафнутовка расположена в 35 км от города Наро-Фоминск, в западно-юго-западном направлении
Относится к сельскому поселению Волченковское
На юге к деревне примыкает д. Афанасьево, на северо-востоке д. Ковригино. Ближайшие крупнейшие населенные пункты: п. Пионерский (3 км на северо-запад), деревни Волченки (3 км на восток), Ястребово (3 км на северо-запад). Рядом находятся: деревни Кузьминское (1 км на юго-запад), Загряжское (2 км на север), Тимофеево (2 км на юго-восток), Волково (3 км на запад), Сотниково (3 км на юго-запад)
По данным переписи 2010 года в деревне зарегистрированы 19 жителей (9 мужчин, 10 женщин)
Высота над уровнем моря 165 м.
Координаты: 55°18΄44˝С.Ш. 36°11΄41˝В.Д.
Код ОКТМО: 46638407241
Код ОКАТО: 46238807003
Код КЛАДР: 5002000019200